이클립스 PDT 3.0에서 소스코드를 복사/붙여넣기시 들여쓰기와 같은 포맷이 변경되는 문제가 있었습니다.

이 문제를 수정하려면 workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/org.eclipse.php.ui.prefs 파일을 에디터로 열어서 smartPaste=true 를 추가해주면 됩니다.

*출처: http://stackoverflow.com/questions/6580997/how-to-disable-eclipse-pdt-auto-format-code-when-pasting